Похоже, проблема действительно упирается в связку thunar-archive-plugin + PHP/MIME-ассоциации. Тоже встречал странности после обновлений, особенно когда в системе замешан flatpak. Интересно будет посмотреть, к чему вы в итоге придёте после разборов в отдельной теме.